À partir de 42 études comparatives dans les maladies auto-immunes, une méta-analyse n’observe pas d’excès de risques d’infections sévères, de cancers, ni d’événements cardiovasculaires majeurs sous inhibiteurs de JAK par rapport aux anti-TNF. Un sur-risque modéré de MTEV apparaît toutefois avec certains anti-JAK, surtout dans la polyarthrite rhumatoïde.