Dépistage du cancer : un nouveau test sanguin plus performant

Un nouveau test sanguin permettrait de détecter avec précision plus de 50 types de cancer, avant même l'apparition de leurs symptômes. Il est basé sur analyse de certaines caractéristiques de l’ADN circulant correspondant à des modifications chimiques de cet ADN et appelées « méthylation ».

Ce sont ces méthylations qui contrôlent généralement l'expression des gènes. Des schémas de méthylation anormaux et les changements qui en résultent dans l'expression des gènes peuvent contribuer à la croissance de la tumeur, de sorte que ces signaux dans l'ADN circulant ont le potentiel de détecter et de localiser le cancer. Cette étude est publiée dans la revue Annals of Oncology.

Un test performant

D’après les chercheurs, ce test sanguin pourrait potentiellement être utilisé dans les programmes nationaux de dépistage du cancer car il a un taux de faux positifs de seulement 0,7 %, ce qui signifie que moins de 1 % des personnes seraient identifiées à tort comme ayant un cancer.

À titre de comparaison, environ 10 % des femmes sont identifiées à tort comme ayant un cancer dans les programmes nationaux actuels de dépistage du cancer du sein, bien que ce taux puisse être plus ou moins élevé selon le nombre et la fréquence des mammographies de dépistage et leur type.

Le test a permis de prédire le tissu d'origine du cancer dans 96 % des échantillons, et il a été précis dans 93 % des cas.

Intérêt des tests de méthylation

Le test sanguin cible environ un million des 30 millions de sites potentiels de méthylation dans le génome humain. Un algorithme d’intelligence artificielle a été utilisé pour prédire la présence de cancer et le type de cancer sur la base des modèles de méthylation dans l'ADN circulant excrété par les tumeurs.

L’IA a été éduquée en utilisant une base de données de méthylation des aspects cancéreux et non cancéreux dans l'ADN circulant. Cette base de données est considérée comme la plus importante au monde et appartient à la société qui participe à cette recherche, GRAIL, Inc. (Californie, États-Unis).

Travail sur une base de données

A partir du « Circulating Cell-free Genome Atlas » (CCGA), les chercheurs ont sélectionné des échantillons de sang de 6 689 participants en Amérique du Nord, soit atteints d'un cancer non traité (2 482 patients), soit non cancéreux (4207 patients), et ceux-ci ont été divisés en un groupe d’éducation et un groupe de validation.

Les résultats de 4316 participants ont été disponibles pour l’analyse : 3052 dans le groupe d’éducation (1531 avec cancer, 1521 sans cancer) et 1264 dans le groupe de validation (654 avec cancer et 610 sans cancer). Plus de 50 types de cancer ont été inclus.

Les chercheurs ont constaté que la performance de l’IA est constante dans les deux groupes (de formation et de validation), avec un taux de faux positifs de 0,7 % dans le groupe de validation. La capacité de l’IA à identifier correctement la présence d'un cancer (le taux de vrais positifs) était également cohérente entre les deux groupes.

Cancers les plus difficiles

Pour 12 types de cancer qui sont souvent de diagnostic le plus tardif, et donc les plus mortels (cancer de l'anus, de la vessie, de l'intestin, de l'œsophage, de l'estomac, de la tête et du cou, du foie et du canal cholédoque, du poumon, de l'ovaire et du pancréas, les lymphomes et le myélome multiple), le taux de vrai positif est de 67,3 % pour les stades cliniques I, II et III. Le vrai taux de positifs est de 43,9 % pour tous les types de cancer de l'étude, aux trois stades cliniques.

La détection s'est améliorée à chaque stade du cancer. Pour les 12 cancers prédéfinis, le taux de positivité réelle était de 39 % au stade I, 69 % au stade II, 83 % au stade III et 92 % au stade IV. Pour plus de 50 types de cancer, les taux correspondants étaient respectivement de 18 %, 43 %, 81 % et 93 %.

Intérêt de la méthylation de l’ADN

Des études antérieures ont montré que l'approche par analyse de la méthylation est plus performante que le séquençage du génome entier, et que le séquençage ciblé, pour la détection de plusieurs types de cancer mortels à tous les stades cliniques. Il en est de même pour l'identification du tissu d'origine.

L'un des points forts de l'étude de la GCAC est qu'elle comprend plus de 15 000 participants de 142 cliniques en Amérique du Nord, ce qui assure une meilleure généralisation des résultats.

Les limites sont que tous les participants atteints de cancer avaient déjà reçu un diagnostic de cancer et n’ont donc pas été suivis prospectivement, ce qui est normalement nécessaire pour augmenter la puissance.

Une certaine imprécision a été constatée dans la détection des tissus d'origine des cancers provoqués par le virus du papillome humain (HPV), tels que les cancers du col de l'utérus, de l'anus, de la tête et du cou.

Une étude « changing practice »

D’après le rédacteur en chef des Annales d'oncologie, le professeur Fabrice André, directeur de recherche à l'Institut Gustave Roussy, Villejuif, France : « C'est une étude qui fait date et c’est un premier pas vers le développement d'outils de dépistage faciles à utiliser. La détection précoce de plus de 50 % des cancers pourrait sauver des millions de vies chaque année dans le monde et pourrait réduire considérablement la morbidité induite par les traitements agressifs ».

« Bien que les chiffres soient encore faibles, les performances de cette nouvelle technique sont particulièrement interpellants dans le cas du cancer du pancréas, pour lequel les taux de mortalité sont très élevés car il est généralement diagnostiqué à un stade avancé ».