Oncologie
Biopsie liquide : une nouvelle méthode permet le diagnostic du tissu d’origine de la tumeur
Une nouvelle méthode de biopsie liquide détecte la présence d'un cancer et peut également identifier son tissu d'origine.
- kentoh/epictura
Des chercheurs ont mis au point une méthode qui non seulement détecte la présence d'un cancer à partir d'un échantillon de sang (« biopsie liquide »), mais identifie également son tissu d'origine.
La méthode, appelée « CancerLocator », repose sur l'identification de profils de méthylation atypiques de l'ADN à partir de l'ADN circulant isolé dans des échantillons de sang. Cette méthode est présentée dans un article de Genome Biology.
Une analyse des méthylations atypiques
Pour créer le programme, les chercheurs ont utilisé des données du « Cancer Genome Atlas » pour identifier les profils de méthylation de l'ADN de différents types de tumeur.
Ils ont également analysé des échantillons sains pour établir le modèle de méthylation des différents tissus non cancéreux. En utilisant cette information, le programme détermine la probabilité qu'un profil de méthylation dérivé d'un échantillon de patient soit cancéreux et, le cas échéant, l'identification du type et de la localisation de tumeur primaire.
Une amélioration du diagnostic
Comme indiqué dans la revue Genome Biology, le « CancerLocator » a fait mieux que deux méthodes de classification validées actuellement, avec un taux d'erreur global de 0,265, comparativement à 0,646 et 0,604 pour les méthodes Random Forest et Vector Vector Machine, respectivement.
En pratique
Les cellules tumorales expriment souvent une méthylation aberrante de l'ADN, ce qui en fait une cible idéale pour le diagnostic du cancer en pratique clinique.
CancerLocator est une méthode probabiliste, qui exploite le potentiel de diagnostic de l'ADN libre circulant en déterminant, non seulement la présence mais aussi l'emplacement d’origine des tumeurs.
Cette méthode infère simultanément les proportions et le tissu d'origine de l'ADN circulant dans un échantillon de sang en la comparant aux données de méthylation de l'ADN à l'échelle du génome.
La technologie en encore est à ses balbutiements, et nécessite bien sûr une validation supplémentaire, mais les avantages potentiels pour les patients sont énormes.
Interview du Pr Paul Hofman (Nice) sur la biopsie liquide au congrès MAO 2017
