Infection pulmonaire : comment une bactérie devient résistante aux traitements ?

Mycobacterium avium est une bactérie responsable d’infections pulmonaires difficiles à traiter. Des chercheurs ont décrypté comment elle développe sa résistance aux traitements antibiotiques.

Certaines bactéries sont capables de survivre aux traitements antibiotiques. Dans la revue Genome Medicine, des chercheurs irlandais expliquent comment l’une d’entre elles développe cette résistance. Ils se sont intéressés à la bactérie Mycobacterium avium, l'une des principales causes d'infections pulmonaires chroniques difficiles à traiter.

Infection pulmonaire : Mycobacterium avium, une bactérie résistante aux antibiotiques 

Ces chercheurs du Trinity Translational Medicine Institute (TTMI) et du Laboratoire irlandais de référence des mycobactéries de l'hôpital St James de Dublin soulignent qu’elle est capable de rester dans les poumons pendant des années, malgré des traitements antibiotiques répétés. "Le traitement des maladies pulmonaires à M. avium est complexe, soulignent-ils. Les patients ont souvent besoin de plusieurs antibiotiques pendant 12 mois ou plus, et le traitement échoue encore dans près de la moitié des cas. De nombreux patients rechutent même après un traitement."

Pour mieux comprendre la bactérie, les chercheurs ont analysé son code génétique : ils ont séquencé, en détails, son génome. Pour ce faire, ils ont utilisé près de 300 échantillons bactériens provenant de patients en Irlande, au Royaume-Uni et en Allemagne. Ils avaient été recueillis à différents moments, afin de permettre aux scientifiques d’observer les évolutions de la bactérie. 

Des ré-infections par de nouvelles souches expliquent la résistance aux antibiotiques 

Ces spécialistes ont constaté que l'infection est souvent causée, non pas par une seule souche persistante, mais par des réinfections répétées par de nouvelles souches, "parfois étroitement apparentées à des souches observées dans d'autres pays européens, ce qui suggère des sources environnementales communes", développent-ils. D’après leurs conclusions, la bactérie subit environ une modification génétique par an. En observant son génome, ils ont remarqué que 13 gènes présentent des signes d'adaptation aux antibiotiques, aux attaques immunitaires et au stress oxydatif.

"Notre étude montre que M. avium peut évoluer en temps réel dans les poumons, analyse l'auteur principal de l'étude, le Dr Aaron Walsh, chercheur au Trinity Translational Medicine Institute. Comprendre quels gènes contribuent à sa survie pourrait ouvrir la voie à de nouvelles cibles thérapeutiques pour cette infection de plus en plus fréquente et tenace."

L’équipe a déjà établi les prochaines étapes de recherche pour décrypter davantage la résistance aux antibiotiques de cette bactérie. Elle souhaite notamment tester les 13 gènes en laboratoire pour mieux comprendre leur rôle spécifique dans la survie aux traitements, mais aussi observer d’autres groupes de patients pour vérifier leurs conclusions sur un panel plus large.