Traitements ciblés : intérêt d’un test génétique à 46 gènes

Cette étude rétrospective publiée dans PLoS Medicine valide un test de séquençage génétique à 46 gènes sur de petites biopsies de tumeurs solide dans le cadre d’un système de soin normal (UK National Health Service).

Les échantillons de tumeurs (y compris le cancer broncho-pulmonaire non à petites cellules, le mélanome et le carcinome colorectal) de 351 patients qui, selon les cliniciens, pouvaient bénéficier d'une analyse génétique plus poussée, ont eu un séquençage génétique de nouvelle génération en utilisant le test.

Le résultat clinique est obtenu avec un temps de réponse médian de sept jours ouvrables et indique toutes les mutations détectables, y compris celles ayant des implications diagnostiques, pronostiques ou thérapeutiques.

Une analyse rétrospective en population

L’objectif de l’étude était de valider un test à 46 gènes permettant la recherche d’anomalies génétiques multiples à partir de petites biopsies diagnostiques de tumeurs solides.

Du 1er janvier 2013 au 31 décembre 2013, des échantillons de tumeurs solides (y compris le carcinome broncho-pulmonaire non à petites cellules, le carcinome colorectal et le mélanome) ont été séquencés dans le cadre du service national de santé du Royaume-Uni.

Après analyse histologique, les régions riches en sections de tumeur fixées au formol et en paraffine ont été soumises à une dissection, une extraction d'ADN et un séquençage génétique de nouvelle génération.

Dans un délai médian de sept jours ouvrables, un rapport clinique a été produit indiquant les variantes détectées, y compris celles ayant des implications diagnostiques, pronostiques, thérapeutiques ou pouvant conduire à des essais cliniques.

Des données phénotypiques accompagnantes ont été recueillies et une analyse détaillée des coûts du test par rapport aux tests monogéniques disponibles a été réalisée pour évaluer l'accessibilité de ce test à 46 gènes dans les soins de routine.

Performance du test à 46 gènes

Le séquençage génétique avec ce test marche dans 97% des échantillons de tumeurs de la cohorte (342/351) et a une concordance de 100% avec les mutations préalablement connues (détectées à l'aide de tests cobas).

Au moins une mutation est identifiée dans 87% des tumeurs (296/342). Une mutation pouvant être utilisée en thérapeutique (c'est-à-dire pour un traitement ciblé disponible ou un traitement testé dans un essai clinique en cours) est identifiée chez 35% des malades (122/351).

Quarante patients ont reçu un traitement ciblé, dans 55% des cas (22/40) uniquement grâce à ce test. L'examen des données disponibles sur l'efficacité des thérapies ciblées révèle l’existence d’au moins une mutation ciblable (c'est-à-dire des mutations pour lesquelles un traitement ciblé était potentiellement disponible) chez respectivement 66% des patients atteints de mélanome (71/107) et 39% des patients atteints de cancer du poumon non à petites cellules (41/105). Pour un coût de £ 339 (US $ 449) par malade, le panel est moins coûteux que d'effectuer plus de deux ou trois tests monogéniques.

En pratique

Le test met en évidence au moins une mutation dans 87% des tumeurs solides séquencées avec succès (296/342).

Quarante patients de cette cohorte ont reçu des traitements ciblés sur la base des données génétiques obtenues en utilisant le test. Pour 22 de ces patients, il n'existait aucun autre test génétique disponible pour produire ces données.

La détection de mutation avec le test à 46 gènes coûte £ 339 (US $ 449) par patient, comparé à un test monogénique qui coûte de £ 71 à £ 141 (US $ 94-US $ 187) par test, selon le type de mutation. Si plus de deux ou trois gènes sont recherchés (selon le type de cancer), l'utilisation du panel est donc moins coûteuse que le test monogénique.

L'analyse par test unique à 46 gènes est donc performante pour identifier les mutations génétiques dans les tumeurs solides et étendre la gamme des options thérapeutiques disponibles pour les malades.

En termes de coûts, le test à 46 gènes peut être une option raisonnable si 2 à 3 gènes ou plus doivent être recherchés.

D'autres données doivent être collectées sur les résultats cliniques des patients ayant accès à des données de séquençage plus étendues.