Les eaux d'égouts : un indicateur du futur en épidémiologie ?

Parmi les nombreuses innovations apportées par la pandémie, on trouve l'analyse des eaux usées des stations d'épuration comme technique très efficace de suivi épidémiologique. Un outil en développement, qui pourrait devenir un support de choix en cas de prochaine épidémie.

Étudier les eaux des stations d'épuration, un projet qui a priori ne vend pas du rêve. Pourtant les scientifiques du réseau Obépine, l'Observatoire EPIdémiologique daNs les Eaux usées, ont réussi à transformer ces eaux d'égouts en une pépite pour le suivi épidémiologique de la Covid-19.

Vincent Maréchal, le directeur de l'Observatoire, explique dans une interview pour l'INSERM comment ils ont procédé et il laisse entrevoir de quelle manière ces eaux usées ont un brillant avenir dans le domaine de l'épidémiologie. La prochaine pandémie sera-t-elle détectée précocement dans nos stations d'épuration ?
  

« Nous avons observé avec plus d'une semaine d'avance l'arrivée de la cinquième vague de Covid-19 »

Le virus de la Covid-19, le SARS-CoV-2, se multiplie dans les voies respiratoires mais est aussi excrété en grande quantité dans les selles chez un nombre important de personnes atteintes, symptomatiques ou non. En recherchant le génome viral dans les stations d'épuration, il est donc possible d'évaluer indirectement la présence et le niveau de circulation du virus de la population française.

Les chercheurs du réseau Obépine ont pu montrer au cours de la pandémie que les signaux détectés étaient en accord avec les indicateurs plus classiques de la circulation virale : taux d'incidence locaux, tests ou encore taux d'hospitalisation et décès. Des performances de suivi épidémiologique qui vont même au-delà de celles des indicateurs classiques, comme le souligne le directeur de recherche : « nous avons […] aussi montré que l'évolution du niveau de circulation du virus dans les eaux usées pouvait devancer de plusieurs jours les indicateurs les plus précoces [...] nous avons observé avec plus d'une semaine d'avance l'arrivée de la cinquième vague de Covid-19 puis sa décrue ».

Un outil de précision qui trouve son efficacité, entre autres, parce qu'il est non tributaire des stratégies de dépistage et peut détecter les personnes asymptomatiques ou pauci symptomatiques habituellement peu diagnostiquées. A toutes ses qualités s'ajoute aussi « un rapport coût/bénéfice remarquable » comme le précise Vincent Maréchal. 

Un outil de choix en cas de nouvelle épidémie ?

Auparavant, le suivi des eaux usées avait été utilisé pour suivre l'impact environnemental de contaminants tels que les pesticides, ou les métaux lourds mais très rarement pour surveiller l'état de santé, « ces méthodes sont encore largement sous-exploitées ! » regrette Vincent Maréchal. Alors que la mission du réseau Obépine pour le suivi épidémiologique du SARS-CoV-2 sera bientôt transférée sous la responsabilité de Santé Publique France et de l'ANSES, d'autres projets sont dans les tuyaux (!) du réseau.

Les chercheurs prévoient maintenant l'étude dans les eaux usées d'autres pathogènes entériques ou respiratoires (grippe, coronavirus endémiques...) : « à terme, il doit être envisagé que soit mis en place un dispositif pérenne de surveillance des eaux usées pour constituer des banques d'échantillons d'eaux usées congelées et conservées sur plusieurs mois, pour répondre très rapidement aux questions qui pourraient émerger concernant la survenue de toute nouvelle épidémie » peut-on lire sur le site du réseau Obépine . L'outil pourra donc bien être précieux en cas de nouvelle pandémie pour l'aide à la gestion de crise.