Covid-19 : les clés pour interpréter les tests PCR et sérologiques

Comment varient dans le temps les résultats des deux types de tests utilisés pour le diagnostic et le suivi de la COVID-19, PCR et sérologies ?

Des chercheurs indiens et japonais apportent une réponse pratique à cette question dans une tribune publiée dans le JAMA.

PCR : diagnostic à un instant « t »

Test le plus utilisé actuellement pour le diagnostic de la COVID-19, la PCR recherche le matériel génétique du virus, l’ARN, et peut être réalisée à partir de prélèvements naso-pharyngés, mais aussi issus d’autres étages de l’arbre respiratoire, notamment la gorge ou la salive, mais aussi les selles et le sang. Quel que soit l’ARN viral ciblé, quasiment tous les tests PCR disponibles ont une sensibilité comparable.  

Chez la plupart des patients ayant une infection symptomatique, la PCR se positive dès le premier jour d’apparition des symptômes pour atteindre un pic au cours de la première semaine d’évolution avant de décliner à partir de la 3è semaine et se négativer ensuite. Toutefois, chez certains patients ayant une forme sévère, ou chez les immunodéprimés, la PCR peut rester positive au-delà de la 3^ème semaine. « La positivité du test ne témoigne cependant pas de la présence de virus viables, mais juste d’ARN viral », rappellent les auteurs de travail. La négativité n’élimine pas le diagnostic car la PCR peut être négative chez un malade infecté dans près de 30% des cas.

Il s’agit là de données générales. Dans certains cas en effet de l’ARN viral a été retrouvé au-delà de 6 semaines après le début des symptômes, et chez d’autres patients, une PCR a pu revenir positive après deux tests antérieurs négatifs, sans que l’on ne sache s’il s’agissait d’une erreur de test, d’une réinfection ou d’une réactivation.

Cette évolution chronologique décrite avec les prélèvements nasopharyngés, peut en outre être différente lorsque les tests sont réalisés à partir d’autres prélèvements, selles notamment.

Détection des anticorps anti-SARS-Cov-2

Le recours aux tests sérologiques trouve sa place un peu plus tardivement dans l’évolution de la maladie, en particulier pour confirmer le diagnostic chez des patients ayant des formes modérées ayant pu initialement passer inaperçues.

Les IgM et les IgG peuvent apparaitre dès le 4è jour après l’apparition des premiers symptômes, mais des taux élevés s’observent plutôt au cours des 2è et 3è semaines d’évolution. Une séroconversion (IgM et IgG) est rapportée chez tous les patients entre les 3è et 4è semaines, avant un déclin marqué des IgM à la 5è semaine et leur disparition à la 7è semaine, alors que les IgG persistent au-delà de cette durée d’évolution.

Les test sérologiques ELISA ont une spécificité de plus de 95%, mais il peut y avoir des réactivités croisées avec d’autres SARS-Cov et d’autres coronavirus. Les IgG témoignent théoriquement d’une infection récente alors que les IgG peuvent persister plus longtemps. Les auteurs soulignent la qualité très variable des tests sérologiques développés, dont certains sont purement qualitatifs et ne peuvent indiquer que la présence ou l’absence d’anticorps anti SARS-Cov-2.

Autre limite : le caractère neutralisant ou non des anticorps et leur persistance à long terme, gages de protection, ne sont pas connus.

Il faut également souligner que les données analysées dans ce travail ne portent que sur des populations adultes non immunodéprimées et ne s’appliquent pas forcément aux enfants et aux sujets asymptomatiques.