Microbiote intestinal et réponse à l’immunothérapie : des liens complexes

L’arrivée de l’immunothérapie a révolutionné la prise en charge des mélanomes avancés, et désormais le taux de survie à 5 ans est de plus de 50% chez les patients traités par un anti-PD-1 et un anti CTLA-4. Mais tous les patients ne répondent pas à ce type de traitement et les marqueurs de réponse font défaut.

La mise en évidence dans plusieurs études d’un lien entre la composition du microbiote intestinal et la réponse au traitement par inhibiteurs de points de contrôle immunitaire fait du microbiote intestinal un potentiel marqueur de réponse et une nouvelle cible thérapeutique.

Une étude métagénomique

Une nouvelle étude, sans doute la plus vaste du genre, dont les résultats sont publiés dans Nature Medicine, confirme les liens entre microbiote et réponse à l’immunothérapie. Mais elle souligne la complexité de ces liens et la difficulté de définir avec précision quel type de microbiote serait associé à une bonne réponse au traitement ou à l’inverse à une mauvaise réponse.

Les données portent sur 165 échantillons de selles qui avaient été prélevés dans 5 cohortes de patients traités pour un mélanome de stade 3 ou 4, au Royaume-Uni, aux Pays-Bas et en Espagne ainsi que 147 échantillons issus d’autres études plus petites. Après séquençage métagénomique, les chercheurs ont mis en évidence une association entre la composition du microbiote et la réponse à l’immunothérapie, lien cependant variable selon les cohortes étudiées.

Trois grandes espèces bactériennes

Ils ont notamment retrouvé un lien entre la réponse au traitement et 3 grandes espèces bactériennes (Bifidobacterium pseudocatenulatum, Roseburia spp. et Akkermansia muciniphila) sans pouvoir toutefois identifier une espèce précise comme marqueur de réponse. En outre, ce lien entre espèce bactérienne et réponse apparait plus complexe que pensé, et dépendant d’autres facteurs que la seule présence ou absence de telles ou telles bactéries. Il existe en effet des relations complexes entre le microbiote intestinal et différents paramètres cliniques qui pourraient varier selon les zones géographiques.

Un caractère unique

Les auteurs rappellent que le microbiote intestinal est unique chez chaque individu, y compris chez les jumeaux homozygotes, et que les caractéristiques génétiques et immunologiques sont également très variables d’une tumeur à une autre. Dès lors, il parait peu probable de pouvoir mettre en évidence un lien reproductible entre le microbiote et la réponse au traitement.