Omicron BA.4 et BA.5 : c’est bientôt l’hiver en Afrique du Sud et l’épidémie repart

L’European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) vient de classer le 21 avril les sous-variants BA.4 et BA.5 d’Omicron, apparus en novembre 2021 en Afrique du sud, en « variants of concern ». Ces 2 sous variants semblent être actuellement à l’origine d’une résurgence de l’épidémie dans ce pays, faisant même craindre une « 5ème vague » pour cette partie du Monde qui va bientôt entrer dans l’hiver.

À moins que nous ne soyons désormais abonnés à une nouvelle vague tous les 6 mois, selon certains experts, potentiellement à l’origine d’une sur-morbidité et d’une sur-mortalité. À noter que la dernière vague Omicron s’est révélée cependant moins sévère dans de nombreux pays bien vaccinés.

Une 5ème vague après un répit en mars 2022

Début mars 2022, l'Afrique du Sud aurait connu 48 heures sans aucun décès lié à la Covid-19, ce qui avait incité les autorités à relâcher les mesures de distanciation. Ce répit n'a toutefois pas duré, puisque les chiffres enregistrés ces derniers jours sont les plus élevés depuis près de trois mois et en nette hausse par rapport à il y a deux semaines.

Au cours des dernières 24 heures, dans ce pays d'environ 60 millions d'habitants, le nombre de nouvelles contaminations a poursuivi sa hausse, avec 6372 cas, 62 nouvelles admissions à l’hôpital et 3 décès, selon le National Institute for Communicable Disease (NICD).

Avec un ratio de 6,3 nouveaux cas pour 100 000 habitants et un taux de positivité supérieur à 10% (16,9%), « sur la base des vagues précédentes, ce sont des seuils indiquant une augmentation continue », a renchéri sur Twitter Ridhwaan Suliman, chercheur au Conseil pour la recherche scientifique et industrielle (CSIR), un institut de recherche gouvernemental, confirmant « l'entrée dans la 5e vague ».

Mutation dans la protéine Spike et ailleurs

La nouvelle de l’implication des sous-lignées BA.4 et BA.5 dans cette résurgence a résonné dans la communauté internationale lorsque le directeur du KRISP, le professeur Tulio de Oliveira, qui a découvert le variant Bêta et le variant Omicron, a tweeté qu'il n'y avait « aucune raison de s'alarmer », car l'Afrique du Sud n'a pas connu d'augmentation inquiétante du nombre de cas, d'hospitalisations ou de décès pour le moment. Ces sous-lignées BA.4 et BA.5 ont également été découvertes au Botswana, en Belgique, en Allemagne, au Danemark et au Royaume-Uni, a-t-il ajouté.

Toujours sur Twitter, M. De Oliveira a expliqué que les souches BA.4 et BA.5 ont un profil de protéine Spike proche de celui de la souche BA.2, la sous-lignée qui est actuellement à l'origine de la majorité des cas de Covid-19 dans le monde et en Afrique du Sud. Il s’agit d’une évolution assez logique et pas d’une rupture.

Cela suggère que ces sous-lignées pourraient avoir une capacité légèrement différente de celle de BA.1 et BA.2 pour contourner certaines de nos défenses immunitaires. Mais, cela n'indique pas un changement majeur laissant penser que le virus pourrait contourner toutes les défenses immunitaires. Il s'attend donc à ce que l'immunité induite par la vaccination ou l'infection naturelle (ou les deux) offre une bonne protection contre les maladies graves avec ces sous-variants. De plus les tests d’identification resteraient efficients.

La recherche continue

Cependant, les sous-lignées nouvellement détectées ont également des mutations supplémentaires dans d'autres protéines virales, bien que celles-ci ne semblent pas avoir un impact majeur sur le comportement du virus. Les recherchent se poursuivent cependant pour en mieux comprendre la portée mais, dans l'ensemble, les experts sud-africains s’attendent à ce que ces deux sous-lignées aient des propriétés assez similaires.

En attendant, il reste à bien vérifier la mise à jour des vaccinations. Les futurs vaccins bivalents contre la souche ancestrale et Omicron pourraient être d’un grand secours.