Par rapport aux précédents variants, Omicron pourrait causer moins de lésions dans les poumons ce qui pourrait expliquer sa relative bénignité au regard de sa très haute contagiosité. Ces données sont issues de plusieurs nouvelles études ex vivo et sur les animaux.

Dans des études sur des souris et des hamsters, le variant Omicron produirait des infections moins sévères et souvent limitées en grande partie aux voies respiratoires supérieures : le nez, la gorge et la trachée. Ce variant serait moins agressif pour les poumons, y compris dans les premières données cliniques, alors que les précédents variants provoquaient souvent de graves difficultés respiratoires et des séquelles pulmonaires.

L'idée que le variant Omicron se manifeste principalement par une infection du système respiratoire supérieur est en train d'émerger selon le New York Times qui a interviewé plusieurs spécialistes sur cette question critique.

Plus de 50 mutations génétiques

En novembre, lorsque le premier rapport concernant le variant Omicron est arrivé d'Afrique du Sud, les scientifiques savaient seulement que ce virus était caractérisé par une combinaison alarmante de plus de 50 mutations génétiques.

De précédentes études avaient montré que certaines de ces mutations permettaient aux SARS-CoV-2 de s'accrocher plus étroitement aux cellules. D'autres permettaient au virus d'échapper aux anticorps, voir au système immunitaire inné, notre première ligne de défense contre l'infection. Mais la façon dont le nouveau variant Omicron pouvait se comporter dans l'organisme restait un incertaine.

Une pathogénie de la Covid-19 mieux comprise

Les infections à SARS-CoV-2 commencent généralement dans la muqueuse nasale ou éventuellement dans la bouche et se propagent dans le pharynx. Les infections bénignes y restent limitées. Par contre, lorsque le coronavirus atteint les poumons, il peut y causer des lésions infectieuses plus ou moins étendues et sévères, avec une atteinte bronchique et alvéolaire. Les cellules immunitaires des poumons peuvent réagir de manière excessive, en tuant non seulement les cellules respiratoires infectées mais aussi les cellules non infectées.

Dans certains cas, une dérégulation du système immunitaire inné peut également provoquer des syndromes inflammatoires incontrôlés et généralisés, à l’origine de lésions graves non seulement des poumons mais aussi d’autres organes (cœur, rein, cerveau…). De plus, les virus peuvent diffuser à partir des poumons et passer dans la circulation sanguine, y provoquant des thromboses diffuses, y compris sur veines et artères saines.

Comprendre la diffusion du variant Omicron

Alors que le variant Omicron se répandait sur la planète, infectant même les personnes vaccinées ou ayant récupéré d'une infection, les records de contamination sont tombés les uns après les autres dans les différents pays, mais les hospitalisations pourraient n’avoir pas augmenté dans les mêmes proportions.

Au cours du mois dernier, plus d'une douzaine d'études ont observé le comportement du variant Omicron vis-à-vis du système respiratoire, en laboratoire, in vitro, in vivo en pulvérisant le coronavirus virus dans le nez de souris et de hamsters ou ex vivo, à partir de cellules respiratoires humaines prélevées lors d’interventions chirurgicales. Les conclusions en sont identiques : le variant infecterait de façon privilégiée les voies aériennes supérieures et moins souvent les poumons.

Des taux 10 fois plus faibles dans les poumons

Les taux de variant Omicron observés dans le nez des hamsters serait identique à celui observés chez les mêmes animaux infectés par un variant antérieur du SARS-CoV-2. Par contre, les taux de variant Omicron observés dans les poumons seraient 10 fois inférieurs ou moins par rapport aux taux observés avec les variants précédents.

Des chercheurs de l'université de Hong Kong avaient fait des observations similaires à partir d’expérience de contamination ex vivo sur des morceaux de tissus prélevés sur des voies respiratoires humaines au cours d'interventions chirurgicales. Si ces résultats chez la souris et le hamster sont confirmés chez l’homme, ce qui pourrait être le cas selon une étude sud-africaine. ils pourraient expliquer pourquoi les personnes infectées par le variant Omicron semblent moins susceptibles d'être hospitalisées que celles infectées par Delta.

Le récepteur TMPRSS2 expliquerait la moindre infection du poumon

Au-delà, il s’agit de comprendre la raison moléculaire pour laquelle le variant Omicron n’infecterait pas aussi bien les cellules des poumons et des scientifiques de l’Université de Glasgow en proposent une explication. De nombreuses cellules pulmonaires portent à leur surface une protéine appelée TMPRSS2 qui pourrait, dans certaines circonstances, aider les SARS-CoV-2 à entrer dans la cellule.

Mais cette équipe de recherche a découvert que cette protéine ne s'accrocherait pas très bien au variant Omicron ce qui le conduirait à moins bien infecter les cellules de cette manière que le variant Delta. Plus haut dans les voies respiratoires, ce mécanisme interviendrait moins, ce qui pourrait expliquer le fait que l'on retrouve le variant Omicron plus souvent dans les voies aériennes supérieures que dans les poumons.

Vers un coronavirus saisonnier ?

Il ressort de toutes ces recherches in vitro, in vivo chez l’animal et ex vivo chez l’homme que le variant Omicron serait devenu un « virus spécialisé dans les voies aériennes supérieures », prospérant dans la gorge et le nez et se rapprochant, selon plusieurs experts, du comportement des 4 autres coronavirus saisonniers déjà acclimatés à l’homme, et qui sont responsables chaque année d’épidémies de rhinopharyngites hivernales.

Actuellement, avec un variant Omicron qui est en train de remplacer Delta en France, des taux de contaminations stratosphériques sont observés avec un pic qui n’est pas encore atteint, ce qui promet de solliciter des structures de soins avec beaucoup des personnels contaminés, et ce pour plusieurs semaines.