La transplantation fécale est-elle vraiment sans danger ?

La greffe de microbiote fécal est utilisée pour traiter certaines infections. Mais elle pourrait avoir des effets indésirables. 

Les greffes de microbiote fécal (GMF) sont une technique innovante pour soigner différentes maladies. Elles consistent à transférer des microbes présents dans les selles d'une personne saine à une personne malade, dans l'espoir de rétablir l'équilibre du microbiote intestinal.

Cette méthode permet de traiter certaines pathologies, comme les infections répétées à Clostridium difficile, et des études ont montré ses effets prometteurs dans la prise en charge du diabète de type 2 ou de l’obésité. Dans la revue Cell, des chercheurs alertent toutefois sur le risque d’effets secondaires. 

Transplantation de microbiote fécal : le risque d'un déséquilibre du microbiote intestinal 

"Les selles contenant principalement des microbes anaérobies provenant du côlon (c'est-à-dire intolérants à l'oxygène), la GMF peut provoquer des déséquilibres dans l'écosystème intestinal lorsque ces bactéries colonisent l'intestin grêle et d'autres parties du système digestif", préviennent-ils. Pour tester les effets de la transplantation fécale sur différentes parties de l'intestin, le Dr Orlando DeLeon, chercheur à l’université de Chicago et auteur principal de cette étude, et son équipe ont mené une série d'expériences sur des souris. Ils ont transplanté des microbes issus de différentes zones dans différents endroits.

Des microbes capables de coloniser tout le tractus intestinal en cas de greffe de microbiote fécal

"Les tests ont montré que les microbes issus de chacune de ces transplantations ont colonisé avec succès l'intégralité du tractus intestinal des souris, et pas seulement leurs niches d’origine, concluent-ils. Cela a créé des disparités intestinales régionales persistant jusqu'à trois mois après une seule transplantation." Ces greffes ont aussi modifié la production de métabolites dans les différentes régions intestinales, ce qui peut avoir des effets sur l’organisme. Des changements ont ainsi été observés dans le métabolisme hépatique, dans l'activité des gènes associés à la fonction immunitaire, dans les comportements alimentaires et dans la dépense énergétique des souris après transplantation. 

Greffe de microbiote fécal : des microbes capables de modifier leur environnement

Ces microbes placés au mauvais endroit ont modifié l'expression des gènes et des protéines dans la paroi intestinale, de manière à se rapprocher davantage des niveaux d'expression observés dans leurs régions intestinales d’origine. "C'est comme s'ils modifiaient leur environnement pour mieux s'y intégrer", précise Orlando DeLeon. Pour le spécialiste, ces résultats sont un "signal d’alarme". "Nous ne devrions peut-être pas introduire sans discernement des microbes du gros intestin dans des zones de l'intestin où ils ne devraient pas se trouver." Il plaide pour des transplantations dites omnimicrobiennes : elles consistent à transférer des microbes prélevés dans toutes les régions de l'intestin, et pas seulement ceux provenant du côlon. Cela pourrait permettre d’équilibrer la présence des différents microbes, sans qu’aucun ne prenne le dessus sur les autres. Le chercheur prévoit de futurs travaux pour mieux comprendre le comportement des microbes transplantés et leur influence dans les différentes parties de l’intestin.